Призывник временно зарегистрирован и проживает в другом городе.Из какого города его призовут в армию?

Призовут от туда, где стоит на воинском учёте.
Статья 10. Обязанности граждан по воинскому учету
1. В целях обеспечения воинского учета граждане обязаны:
состоять на воинском учете по месту жительства (граждане, прибывшие на место пребывания на срок более трех месяцев, - по месту их пребывания) в военном комиссариате.. .
сообщить в двухнедельный срок в военный комиссариат, в котором они состоят на воинском учете, либо в соответствующий орган местного самоуправления поселения или соответствующий орган местного самоуправления городского округа, осуществляющий первичный воинский учет, об изменении семейного положения, образования, места работы или должности, места жительства или места пребывания в пределах территории, на которой осуществляет свою деятельность военный комиссариат, в котором они состоят на воинском учете;
сняться с воинского учета при переезде на новое место жительства или место пребывания (на срок более трех месяцев) , расположенное за пределами территории, на которой осуществляет свою деятельность военный комиссариат, в котором они состоят на воинском учете, а также при выезде из Российской Федерации на срок свыше шести месяцев и встать на воинский учет в двухнедельный срок по прибытии на новое место жительства, место пребывания или возвращении в Российскую Федерацию;
2. Граждане, подлежащие призыву на военную службу, выезжающие в период проведения призыва на срок более трех месяцев с места жительства или места пребывания, должны лично сообщить об этом в военный комиссариат, в котором они состоят на воинском учете или не состоят, но обязаны состоять на воинском учете либо в соответствующий орган местного самоуправления поселения или соответствующий орган местного самоуправления городского округа, осуществляющий первичный воинский учет.

В зависимости от обстоятельств, невыполнение гражданами обязанностей по воинскому учёту, может рассматриваться, как уклонение от прохождения военной и альтернативной гражданской службы и караться в соответствии с УК РФ (ст. 328).

Он должен сообщить свой адрес временной регистрации в военкомат. А призовут по месту основной регистрации.