Каким образом можно проверить правильность начисления пенсии,сдаётся,что не доплачивают,при увольнении был конфликт с КЧ

1.Ознакомьтесь с Приказом ФСБ РФ от 1 мая 2003 г. N 302 "Об организации пенсионного обеспечения в органах федеральной службы безопасности"
2.Ознакомьтесь в пенсионном подразделении территориального органа безопасности со своим пенсионным делом, особое внимание обратив на расчет выслуги лет для назначения пенсии; выписки из приказов об увольнении и исключении Вас из списков личного состава и денежный аттестат, - т. е с документами которые исполнял кадровый орган по Вашему последнему месту службы. Это кадровое подразделение д. б. уточнить и подтвердить Ваши периоды службы в погран. войсках, подлежащие зачету на льготных условиях.
3. Получив всю эту информацию, Вы т. о проверите правильность записей в денежном аттестате о окладах по воинской должности и по воинскому званию и размере процентной надбавки за выслуги лет (% зависит от календарной выслуги; размер % - в ст 13 фед. закона РФ "0 статусе военнослужащих; размер в руб. считается % от суммы окладов по должности и званию) ) По расчету выслуги лет проверите все ли периоды службы, подлежащие зачету на льготных условиях в нём указаны (в соответствии с постановлением Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 22 сентября 1993 г. N 941), что может повлиять на % начисляемой пенсии.
4. Рассчитайте размер своей пенсии в %(ст. 14 Закон РФ от 12 февраля 1993 г. № 4468-1)
5.Исчислите свою пенсию в рубл. (ст. 43 Закон РФ от 12 февраля 1993 г. № 4468-1и постановление Совета Министров - Правительства Российской Федерации от 22 сентября 1993 г. N 941) и сравните с получаемой.

Из вопроса не видно, где получаете пенсию. Тем не менее вы можете посмотреть документ на поступление пенсии там. куда она попадает, прежде, чем вы её получите. Выпишите все слагаемые начисления получаемой вами пенсии и, зная формулу расчета пенсии при увольнении по выслуге лет, не трудно будет установить правильность начисления вам пенсии.

Командир части и начисление пенсии - вещи не совместимые. Подсчитаное личное дело отправляют в военкомат, военкомат подаёт сведения в пенсионный фонд. Там начисляют пенсию.