Мой сын пропустил летний призыв по уважительной причине.

Ну а теперь смотрим что говорит по данному поводу ЗАКОН:
----------------------------------------------------------------
2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:

а) обучающиеся по очной форме обучения в:

....

имеющих государственную аккредитацию по соответствующим направлениям подготовки (специальностям) образовательных учреждениях по программам среднего профессионального образования, если они до поступления в указанные образовательные учреждения получили среднее (полное) общее образование и достигают призывного возраста в последний год обучения, - на время обучения, но не свыше нормативных сроков освоения основных образовательных программ;
---------------------------------------------------------------

Т. е. если чисто по закону, то его должны призвать на военную службу. Как оно будет на практике сказать сложно, т. к. призывные комиссии иногда в таких случаях проявляют лояльность и дают доучиться. Если конечно с выполнением плана призыва большого напряга не будет.

А в военкомате об этом знают?

доучится. главное не менять учебное заведение

В армию не забирают - в армию призывники идут исключительно ДОБРОВОЛЬНО.
Об этом сказано в законе об воинской обязанности.

Летнего призыва не существует!
Если учиться очно, у него есть отсрочка от армии!
Вы вообще какую то ересь несете!

Во-первых если он учится на очке его не кто не забурёт ни куда. Существует 2 призыва (осенний и весенний). Если же ваш сын уже получал отсрочку от армии или учебное учуреждение отсрочки не предоставляют, вашего сына заберут. Сходите в военкомат, там тоже есть нормальные люди и поговорите с ними.