Как правильно поступить ?

Ну, по части первой последствия и не нужны. Были бы последствия, была бы и статья другая.. .
У меня на практике была подобная ситуация. Проходящего по делу молодого человека, который как и Вы ничего не сообщил в военкомате и ушел в армию, вернули из того места, куда он был направлен для прохождения службы и он дошел до суда. И уж поверьте подобным поступком Вы только настроите против себя следственные органы и органы суда, а это может не лучшим образом сказаться на приговоре.
Конечно, это ошибка дознавателя (следователя) в том, что они зная о том, что Вы находитесь в призывном возрасте, не сообщили о том, что в отношении Вас возбуждено уголовное дело, в военкомат. Обязанность органов предварительного расследования и суда уведомлять военкоматы. Однако на исходе это никак не отразится. Лицо, ведущее ваше дело, просто узнав о том, что Вы в армии, просто сделает запрос в военкомат, где узнает куда Вы были направлены для прохождения службы. А остальное за малым - Вас просто вернут назад и отдавать долг Родине Вы будете несколько позже.
Федеральный Закон о воинской обязанности и военной службе.
Статья 23. Освобождение от призыва на военную службу. Граждане, не подлежащие призыву на военную службу
3. Не подлежат призыву на военную службу граждане:
а) отбывающие наказание в виде обязательных работ, исправительных работ, ограничения свободы, ареста или лишения свободы;
б) имеющие неснятую или непогашенную судимость за совершение преступления;
в) в отношении которых ведется дознание либо предварительное следствие или уголовное дело в отношении которых передано в суд.
Вас касается именно подпункт в) пункта 3 статьи 23..

так посоветоваться стоит не со знакомыми, а с каким нибудь юристом или адвокатом....

В соответствии с ч. 3 ст. 23 Федерального закона "О воинской обязанности и военной службе""

Не подлежат призыву на военную службу граждане:

а) отбывающие наказание в виде обязательных работ, исправительных работ, ограничения свободы, ареста или лишения свободы;

б) имеющие неснятую или непогашенную судимость за совершение преступления;

в) в отношении которых ведется дознание либо предварительное следствие или уголовное дело в отношении которых передано в суд.

То есть пока дело в суде, призвать в армию Вашего сына не могут.

здесь может быть 2 варинта: он уйдет в армию и его оставят в покое. или, если он не спеет принять присягу за ним приедут туда из милиции. присягу принимают примерно через месяц после призыва. Но мой знакомый так соскочил. Успел принять присягу.