хочу встать на учет в военкомате по месту постоянной регистрации. В паспортном выписался, а военкомат не снимет с учета,

Здесь не совсем понятны мотивы, по которым вы снялись с рег. учета.
В соответствии с законом, вы должны состоять на воинском учете по месту вашего жительства.
Причем не важно, какая при этом у вас регистрация по месту этого жительства, постоянная или временная.
"Граждане обязаны состоять на воинском учете по месту жительства (граждане, прибывшие на место пребывания на срок более трех месяцев, - по месту их пребывания) в военном комиссариате".
Для паспортно-визовой службы не важен ваш мотив или причина снятия с рег. учета. Они за учет военнообязанных не отвечают. А вот для военкомата это важно, особенно если это переезд к др. месту жительства. Своих "клиентов" они не хотят терять.
В вашем случае снять с учета военкомат вас обязан. Подайте еще одно заявление в военкомат, а в нем укажите: копия - в прокуратуру. Думаю, ваш вопрос в этом случае решится быстро.
Не решится, действуйте через прокуратуру.

Вы должны сообщить в военкомат адрес постоянной регистрации.

Почему? Чем мотивируют? Должны снять с регистрации по адресу, который укажете в листке убытия.

скажите пожалуйста) а вот если военник утерян, на учете он стоит в Казанском военкомате) хотим прописать мужа в моем городе) ему можно просто сняться с учета там и встать тут (когда пропишется) и восстановить военник в нашем городе. или нельзя так? (ему 27 лет)

не имеют права не снимать с прежнего места прописки. я умудрился вообще выписаться с военкомата, но не ФМС.