Забирают друга с хроническим пиелонефритом справа, удвоение члс мочеточника слева, сказали что он годен, так ли это?

Почитайте Расписание болезней статью 72. Если ваш друг не согдасен с решение призывной комиссии, то он может обжаловать его в суде.

Это вряд ли, надо обследоваться в независимом медучреждении, а не в городской муниципальной больнице

Если Ваш друг не согласен с решением призывной комиссии, то он имеет право на действия, указанные в ст. 28 Федерального закона "О воинской обязанности и военной службе (ст. 28,п. 6,7)
6. Председатель призывной комиссии объявляет решение гражданину, в отношении которого оно принято, и по требованию гражданина выдает ему копию решения.
(в ред. Федерального закона от 06.07.2006 N 104-ФЗ)
(см. текст в предыдущей редакции)
7. Решение призывной комиссии может быть обжаловано гражданином в установленный законодательством Российской Федерации срок со дня получения гражданином копии указанного решения в призывную комиссию соответствующего субъекта Российской Федерации или в суд. Жалоба гражданина должна быть рассмотрена в пятидневный срок со дня ее поступления в призывную комиссию соответствующего субъекта Российской Федерации. В этом случае выполнение решения призывной комиссии приостанавливается до вынесения решения призывной комиссией соответствующего субъекта Российской Федерации или вступления в законную силу решения суда.
(п. 7 в ред. Федерального закона от 06.07.2006 N 104-ФЗ)

http://www.consultant.ru/popular/military/32_4.html#p684
© КонсультантПлюс, 1992-2012

ну и не одного его

если не согласны с решением комиссии, что вам мешает обжаловать решение комиссии в судебном порядке, будите сидеть сложа руки, конечно вас призовут в армию.