здравствуйте. вопрос очень серьезный.

пп. а) . п. 2 ст. 24 ФЗ от 28.03.1998 N 53-ФЗ гласит:
2. Право на отсрочку от призыва на военную службу имеют граждане:
а) обучающиеся по очной форме обучения в:
образовательных организациях и научных организациях по имеющим государственную аккредитацию:
программам магистратуры, если указанные обучающиеся не имеют диплома специалиста
или диплома магистра и поступили на обучение по программам магистратуры в год получения
высшего образования по программам бакалавриата, - в период освоения указанных образовательных программ, но не свыше установленных федеральными государственными образовательными стандартами, образовательными стандартами сроков получения высшего образования по программам магистратуры. (абзац 7 - ВЫДЕЛЕНО МНОЙ)

Предусмотренная настоящим подпунктом отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданину только один раз, за исключением одного из случаев, если:

первая отсрочка от призыва на военную службу была предоставлена гражданину в соответствии с абзацами вторым и (или) пятым настоящего подпункта, гражданин повторно может воспользоваться правом на отсрочку от призыва на военную службу в соответствии с абзацем седьмым или восьмым настоящего подпункта;

первая отсрочка от призыва на военную службу была предоставлена гражданину в соответствии с абзацем седьмым настоящего подпункта, гражданин повторно может воспользоваться правом на отсрочку от призыва на военную службу в соответствии с абзацем девятым настоящего подпункта.

В вашем вопросе недостаточно информации для правильного ответа.

Поэтому вам самому надлежит изучить положения пп. а) . п. 2 ст. 24 ФЗ от 28.03.1998 N 53-ФЗ

Для нормального ответа надо знать все подробности твоего поступления в магистратуру. Но предварительно такой ответ будет, если ты поступил в магистратуру после специалитета, то тебе отсрочка не положена, а поэтому военкомат прав на 100%. Или например ты поступил туда не в год окончания бакалавриата. В общем, как говорят, могут быть варианты.

Правы. Магистратура отсрочее не дает.