Если отсрочку дали на 2 года на время обучения специальность новая и аккредитацию

Дед, не совсем верно. Сейчас госаккредитация вуза роли не играет - только аккредитация специальности или направления обучения (это норма п/п "а" ст. 24 53-ФЗ). На основании статьи 92 Закона об образовании и Положения от 18.11.2013 № 1039 "О государственной аккредитации образовательной деятельности" новая специальность получает самостоятельную аккредитацию при наличии студентов последнего курса обучения (в этом случае на время учёбы отсрочка не полагается). Однако если специальность относится к укрупнённым группам профессий, специальностей, направлений подготовки, имеющим госаккредитацию, то каждая специальность, входящая в укрупнённую группу, считается аккредитованной. Видимо, автор вопроса именно эту норму называет "условной аккредитацией". В таком случае - не условная, а вполне законная. И в этом случае справка формы 2 выдаётся не по реквизитам аккредитации специальности, а по реквизитам аккредитации направления обучения. Разъяснительное письмо руководителям образовательных организаций высшего образования от Министерства образования и науки РФ по этому поводу имеется, от 24.06.2014 № АК-1666/05. Парню надо в своём вузе этот вопрос провентилировать, взять необходимые справки и заяву обязательно к справкам приложить, бо предоставление отсрочки предусматривает заявительный характер, а не автоматический.

Если у учебного заведения нет государственной аккредитации, ну или у твоей специальности, то никакой отсрочки тебе естественно не будет. И никакая условная аккредитация тут не действует. А если военкомат совершил такую ошибку, то прокуратура их точно поправит.