сына с плоскостопием 2 степени и ещё кучей заболеваний на первичной комиссии признают годным к службе и дают категори А

Изучайте ст. 68 Расписания болезней.
Только странно все это что Вы пишете. Не могут так ошибаться на медкомиссии. Тут что то не так. Кстати, с некоторыми формами плоскостопия призывник вполне может быть признан годным к службе.
В любом случае, если вы хотите оспорить решение медицинской комиссии, то следует обратиться в вышестоящую комиссию, которая перепроверит все и может вынести другое решение. Только нужно представить туда соответствующие документы подтверждающие болезнь.
Кроме вышестоящей комиссии Вы можете обратиться и в суд.

Я хочу вам описать свою ситуацию. Сейчас моему сыну 24 года. У него выское давление и состоит на учете со спиной. Когда нам было 18 лет вызвали нас на комиссию. Мы как умные принесли все справочки и от невропотолога по поводу гепертании и от ортопеда. Нам сказали, что это все куплено. Но я начала качать права, ведь я юрист, думаю, что это за безобрасие. Но я к старшему по призывной комисси он мне говорит: да мы вашего сына списываем по состаянию здоровья.
, но все же отправил нас на обследование. Мы прошли его. Месяц проходили. Больница все диагнозы подтвердила. Придя в военкомат к терапевту, мы от терапевта услышали, что наш сын годен к военной службе. Я опять к старшему по комиссии: -Он мне говорит, приходите через пять дней, мы спишем вашего сына. Через пять дней мы явились, а старший нам и заявляет вы годны. Что мне осталось? Я написала письменное заявление /жалобу/ на военкомат нашего района изложила всю ситуацию, ксерокопии справок и отправила генералу нашего большого города. После чего нас с сыном вызвали на городскую комиссии и признали его ограниченно годным. У него давление до 240 поднимается. А терапевта из военной комиссии убрали. Я считаю. что вам нужно обратиться в городскую военную комиссии по призыву. Да, даже к тому генералу города. Мне и сыну это помогло. Нашей военной комиссий главное призвать, а остальное глубако наплевать. Так, что граждани всё в нашей стране может быть.

пошлите мед комиссию на три буквы, в суд, дальше по суду на новое освидетельствование в независимую клинику, ну и все ок

К сожалению, такое частенько случается. Вам не повезло с врачами.. .
Вы имеете право оспорить решение комиссии в суде.
Если будут серьезные проблемы, можете обратиться в одну из организаций, которые оказывают помощь призывникам.
Варианты - Военная коллегия адвокатов, коллегия адвокатов "Призывник".

Продольное плоскостопие I или II степени, а также поперечное плоскостопие I степени без артроза в суставах среднего отдела стопы, контрактуры пальцев и экзостозов не препятствуют прохождению военной службы, поступлению в военно-учебные заведения и училища.
Основание: Постановление Правительства Российской Федерации от 25.02.2003 №123 "Об утверждении Положения о военно-врачебной экспертизе" (ред. от 28.07.2008).