Можно ли будет оспорить решение военкомата?

ст. 28 ФЗ "О воинской обязанности и военной службе"

Решение (заключение) призывной комиссии может быть обжаловано гражданином в призывную комиссию соответствующего субъекта Российской Федерации в течение трех месяцев со дня принятия обжалуемого решения (вынесения обжалуемого заключения) или в суд. Жалоба гражданина на решение призывной комиссии должна быть рассмотрена в течение пяти рабочих дней со дня ее поступления в призывную комиссию соответствующего субъекта Российской Федерации, а жалоба гражданина на заключение призывной комиссии - в течение одного месяца со дня ее поступления в призывную комиссию соответствующего субъекта Российской Федерации. В случае обжалования гражданином решения (заключения) призывной комиссии выполнение этого решения (действие этого заключения) приостанавливается до вынесения решения призывной комиссией соответствующего субъекта Российской Федерации или вступления в законную силу решения суда.

Вы зря думаете, что это у вас "последняя" медкомиссия. Ещё как минимум одна будет на сборном пункте. А вот в армии сразу по прибытию в часть будет ещё одна... Но по делу.
Вы очень зря думаете, что медкомиссия не выявит ваших заболеваний. Тем более, что вы о них и расскажете сами, более того у вас с собой ваша медкарточка из поликлиники есть, в которой ваше заболевания описано, расписано, несколько раз лечилось, вы обследовались и все эти записи ведутся уже несколько лет. А не возникли ВДРУГ за неделю до призыва. ))) Шучу.
При необходимости вас могут направить на обследование в больницу. Надо понимать, что наличие некоторых заболеваний это не осовобождение от службы. По ним определяют степень, стадию и прочее... Описывают и по описанию выставляют категорию годности к службе.
Но если вы уже заранее стали сомневаться, то это странно по крайней мере. Хотя дело-то ваше.
Если вы не согласны с решением комиссии, то вы (ЛУЧШЕ В ТОТ ЖЕ ДЕНЬ) можете написать заявление о несогласии и с просьбой направить вас на обследование в вышстоящий военкомат (их медкомиссию). То что по закону вы имеете право АЖ 3 месяца на это... Это правда, но это не осовбождает вас от призыва. Т. е. пройдете медкомиссию, далее призывная и вам - Вот повестка на 25 октября. Распишитесь.
ВСЁ! Теперь вы 3 месяца как протянете? Уклоняться начнете? Ведь законного основания у вас нет. Так что подавайте жалобу сразу или на следующий день. А 25 числа явитесь (обязаны) и скажете - я подал заявление... И вопрос будет снят до решения: отказ, либо направление. Кстати можете и в суд подавать на решение, но надо иметь свои документы о не годности (и не годовой давности конечно) и взять копию решения военкоматовкой медкомиссии (запросить письменно).
Поверьте больных людей в армию не призывают. Хотя бывают исключения, когда они и сами не знают или молчат. А сказки, что призывают одноруких, одногих и слепых... это не более, чем сказка.

Если диагнозы различные то точку в споре ставит больница региона где тебя и госпитализируют для обследования. Выше больницы региона могут быть лишь диагнозы ФЕДКРАЛЬНЫХ БОЛЬНИЦ И НИИ!