если военкомат отправил на обучение на категорию С, водительское получил на ВС

Нет. по одной простой причине.
Право на управление транспортным средством (водительское удостоверение) вы получили НЕ от военкомата .
Для лишения права на управление ТС должно быть решение суда

Успокойся, никто у тебя уже ничего не заберет. И в суд не подаст. Ну если только судом будет доказано что ты намеренно уклонился от призыва....

Аннулировать права могут только сотрудники ГИБДД, да и в том случае, на основании медкомиссии гражданина, которая выявит неизлечимые противопоказания к вождению или за злостное нарушение ПДД гражданином. Да и то, в последнем случае права не анулируются, а лишаются на определённый срок. Военкомат изродясь такими полномочиями не обладал. Так что ничего у вас в случае Вашей негодности к службе у Вас не анулируют, не заберут. Но не думаю, что Вас могут уже признать негодным. Ведь если военком послал Вас на обучение водителя, то значит он был на 100% уверен, что Вы абсолютно подлежит призыву и нормальному прохождению службы. Иначе он на обучения ни за что бы Вас не отправил. Ведь если Вас признают негодным или комиссуют, то военкомат получит по шапке за то, что просто так считай "подарил" Вам права за гос-счет.

вот летчикам военным поэтому и не выдают пилотское свидетельство, чтобы не убежали от армии на гражданку в аэрофлот )))