Может ли прапорщик быть начальником у Лейтенанта?

Ответ не столь однозначен, как кажется. По уставу нет. Так в Приложении
к приказу Министра обороны РФ от 17 декабря 2012 г. N 3733, читаем:
"6. Военнослужащие из состава прапорщиков (мичманов) могут быть назначены на воинские должности, подлежащие замещению младшими офицерами. Указанное назначение на воинские должности осуществляется при невозможности назначения военнослужащих соответствующего состава с учетом опыта прохождения военной службы, уровня профессиональной подготовки, психологических качеств и при условии, что у прапорщиков (мичманов) не будет в подчинении военнослужащих из состава офицеров."
Однако в особых условиях, например боевых действий, прапорщик может быть назначен старшим группы, куда могут входить и офицеры, то есть временно для выполнения оперативной задачи офицер может подчиняться прапорщику.

Разве что, теоретически. На практике, я например такого не припоминаю.

В нормальных условиях - нет.

Называется табели о рагнгах. То есть на должности должен быть военный соответствующего звания. Не может быть прапорщика командира взвода, если зам ком взвода лейтенант.
Когда я служил так сложилось, что из офицеров в нашей батарее был только командир батареи и все офицерские должности замещали сержанты. Я исполнял обязанности командира расчёта орудия, зам ком взвода, ком взвода старшины батареи и замполита батареи, ездил на все сборы по этим должностям и получал денежным довольствием половину зарплаты командира взвода не смотря на то, что в военнике должность ком взвода прописана не была, а только зам ком взвода. Уж не знаю как проводилось это в штабе по бухгалтерии. Может отдельным приказом по части. Но, тогда, приказ в военнике должен был быть отражён.

Да. Кроме званий есть ещё должности

Если литеха мясо тухлое, то не начальник конечно, но возглавлять между ними может

нет

Может

может, т. к. звание не всегда выше должности