Почему если поставить Root для Android то гарантия снимается?

1. Вы можете превратить свое устройство в "кирпич".
Если точно не следовать инструкции рутинга, то вы можете превратить свое устройство в "кирпич" — сделать его полностью непригодным для использования, так что устройство может стать для вас не боле чем дорогим, блестящим «кирпичом» .
Рутинг не сложная процедура и может быть произведена за пару минут в пару кликов. До тех пор, пока вы аккуратны с этой процедурой, вам не стоит ни за что беспокоится. Но потенциальный риск, если вы что-то сделаете неправильно, огромен.

2. Вы потеряете OTA обновления для своего устройства (ОТА-обновления - это обновления по воздуху (ОТА - over the air) посредством интернета) .
Время от времени, ваше устройство получает обновления для своей версии Android: это могут быть небольшие исправления ошибок, или большие обновления, как, например, обновление версии операционной системы из Eclair (Android 2. 1) к Froyo (Android 2. 2) .
Если вы рутите свое устройство, а затем попытаетесь установить любые OTA обновления, вы потеряете root-доступ к вашему устройству и не сможете снова повторить операцию рутинга до тех пор, пока кто-то не найдет способ получить root-доступ для новой обновленной версии устройства.

3. Вы аннулируете гарантию на устройство (об этом Вы уже знаете) .

Систему, ломаешь, а то есть, у тебя появляется доступ к таким вещам которые разработчики скрыли, в которых ты можешь натворить таких дел, что телефон отлично подойдет для метательных целях))
Так, что если, что то работать не будет это может быть из-за того, что там, что то сам пользователь натворил, а даже если это и не он, то тут уже не докажешь

Потому что за то, что вы можете наворотить под неограниченными правами, ответственность нести будете только вы сами

Немного тоньше. Даже если не дойдёт до грубых осложнений. Гарантия означает ответственность производителя за работу устройства с заявленными свойствами. Устанавливая ПО от сторонних разработчиков, или просто необкатанное под конкретное железо, очень часто можно получить сбои в работе устройства различной степени тяжести. Отказ от гарантии и напоминает пользователю чьи руки откуда растут.

Счётчик прошивок срабатывает, и в любом сервисе уже видно что вы в нём копались.
Надо очень умную голову чтоб его обойти, да и то не на всех аппаратах это возможно.