Каким образом скреплены атомы в молекуле?

Грубо говоря, можно представить атомы в виде пластичных сфер. при образовании хим. связей сферы деформируются, слипаются как 2 пластилиновых шарика при нажиме. да и форма сфероидальная исчезает ( это благодаря эффектам донирования - акцепции электронной плотности ).
Никаких "стержней" в реальных молекулах нет. Это просто условное изображение процесса.

Представьте себе "шар из сладкой ваты", диаметром в 100 м, отображающий область пространства, в которой может находиться электрон. В центре этого шара имеется маковое зернышко диаметром 1 мм, отображающее ядро атома. Так будет выглядеть атом водорода "при увеличении" в 10 000 000 000 раз. Другие атомы выглядят примерно так же, только "шар из сладкой ваты" будет побольше (диаметром в 100-300 м) , ядро тоже побольше, размером от зернышка проса до горошины или вишенки. Теперь представьте, что "шар" не из сладкой ваты, а из "липучки", или еще лучше как головки репейника, но размером в сотни метров. Точно так же, как головки репейника при соприкосновении слипаются между собой, так и атомы тоже как бы "слипаются". Для объяснения природы этого "слипания" нужно слишком глубоко вдаваться в квантовую механику, но я думаю, что Вам это не нужно. Достаточно представления, что "шары- эдектроны" заряжены отрицательно, а ядра - положительно, и все атомы в молекуле удерживают электрические силы (разноименные заряды притягиваются).

"скрепляются" они за счёт общих электронов: степень окисления атома показывает, сколько электронов тому или иному атому не хватает на электронном уровне, либо сколько лишних, а т. к. атом не может "отобрать" или "отдать" электроны, поэтому данные электроны вращаются на электронных уровнях обоих атомов, вследствие чего атомы и соединяются в молекулу.