Появились ли новые биологические виды на Земле за последнюю тысячу лет ?

Да полно. Напоминаю, что основным признаком, по которому определяют, что речь о разных видах, является генетическая несовместимость особей разных видов, т. е. их неспособность производить плодовитое потомство (или вообще любое потомство) .

О создании новых видов в лаборатории
Шапошников Г. X. Специфичность и возникновение адаптации к новым хозяевам у тлей (Homoptera, Aphidodea) в процессе естественного отбора (экспериментальное исследование) // Энтомол. обозр. 1961. Т. 40, ? 4. С. 739-762.
Шапошников Г. X. Морфологическая дивергенция и конвергенция в эксперименте с тлями (Homoptera, Aphidinea) // Энтомол. обозр. 1965. Т. 44, ? 1. С. 3-25.
Шапошников Г. X. Возникновение и утрата репродуктивной изоляции и критерий вида // Энтомол. обозр. 1966. Т. 45. N 1. С. 3-35.

Один из удивительных опытов по видообразованию был проведен на мухах дрозофилах. Мух приучили к не свойственной им пище: в двух пробирках дрозофил кормили мальтозой, а в двух - крахмалом. Когда несчастные мухи после периода сверхвысокой смертности кое-как приспособились (за 10-15 поколений) к этой неудобоваримой для них пище, экспериментаторы провели опыты по избирательности скрещиваний. Оказалось, что мальтозные мухи предпочитали скрещиваться с мальтозными, пусть даже из другой пробирки, а крахмальные - с крахмальными.
http://elementy.ru/news/430115
А. В. Марков. Как отличить своих от чужих? Неканонические механизмы репродуктивной изоляции.
http://macroevolution.narod.ru/mate_recognition.htm

В ПРИРОДЕ
Цепная реакция видообразования
http://elementy.ru/news/431001
Всего 80 лет назад в США появился новый вид растения. Козлобородник, Tragopogon miscellus
http://www.strf.ru/material.aspx?CatalogId=222&d_no=37958
Грибы: индивидуумы, популяции, видообразование
http://elementy.ru/genbio/synopsis?artid=155
Гены сорняков изменили представление об эволюции
http://www.membrana.ru/particle/13282

вообще-то новые виды появляются достаточно часто. не так давно писали про каких-то мышей на островах в средиземном море, про клестов в Германии, разделившихся на перелетных и зимующих (всего за 50 лет как немцы стали подкармливать птиц в лесах) .
есть много лабораторных опытов, например, самый первый, в начале 60 - разделение древесных тлей по виду дерева, на котором они кормятся.

есть и вовсе чудеса - "кольцевые виды", живузие в кольце-полосе вокруг горы, у которых все близкоживущие - скрещиваются, а живущие диаметрально противоположно - нет.

Открыто было много новых, много исчезло видов, но считать, что появились новые виды - это не корректно.