Почему формирование в процессе эмбриогенеза бесполезных органов не было устранено в ходе эволюции?

Наверное предыдущий отвечающий прав, но с жабрами это просто неудачный пример, а закон о повторении онтогенезом филогенеза ничего не объясняет, так как повторяет только в общих чертах, а главное он носит эмпирический характер. Я имею в виду что было замечено что это так (онтогенез повторяет филогенез) , но этот закон не является движущим источником развития и в частности он не может противостоять эволюции.

По-моему дело в другом. Тут нужно обратить внимание на механизмы эволюции.
В процессе эволюции устраняются не просто бесполезные, а именно вредные органы (к тому же на это нужно время) . Если наличие какого-то органа (или признака) безразлично для способности организма к выживанию в данных условиях, то эволюция никакого влияния на него и не окажет. Признак просто не попадет под действие естественного отбора и будут существовать разные вариации признака (хотя численно будут преобладать организны с исторически, т. е. ранее сложивщимся значением этого признака) .
Для того чтобы эволюция вызвала какие-либо изменения, особи с наличием и отсутствием признака должны быть поставлены в неравные условия в борьбе за существования (т. е. особи у которых отсутствует орган должны иметь больше шансов на выживание) . Более того, они должны конкурировать между собой (наличие пищи, хищников и т. д.) , значит взаимодействовать при получении ограниченных ресурсов или противостоянии вредным внешним факторам и иметь в процессе этой конкуренции разные возможности. Для выживания особи должно быть (хотя бы косвенно) небезразлично выживут ли другие особи (и оставят ли они потомство) , точнее ее шансы на выживание должны возрастать при уменьшении шансов других (конкурирующих) особей. Но в процессе эмбрионального развития особи существуют большей частью пассивно и не конкурируют (даже не взаимодействуют) между собой. Хотя могут быть исключения, например, при одновременном развитии в одном месте нескольких эмбрионов (я слышал что, у некоторых видов акул которые являются живородящими рыбами один эмбрион поедает другие, другой пример - у пчел матка которая выходит первой разгрызает маточники и вызывает гибель других маток, т. е. здесь для выживания критическими являются сроки развития) , конкуренция между эмбрионами (косвенно конечно) также существует в случае если то или иное строение эмбриона влияет на возможности выживания их родителей (в случаях когда они нужны для развития эмбриона) , но эти ситуации (когда особи в процессе эмбрионального развития конкурируют) видимо бывают редко.
А раз нет конкуренции, то даже при разных шансах на выживание (если они действительно разные у эмбрионов, что видимо тоже нечасто) не будет полностью вытеснен негативный признак, особей с его наличием будет действительно меньше (они будут чаще погибать в процессе эмбрионального развития) , но если на возможности к выживанию во взрослом состоянии это не повлияет, то все равно будет существовать определенный процент таких особей.

Потому что онтогенез повторяет филогенез. Частично устраняется, замедляется. Более поздние прогрессивные образования закладываются раньше и развиваются быстрее. Почитайте у Северцова про филэмбриогенезы. А жабры трансформируются в среднее ухо, как же нам без него?