Почему квантовые частицы не имеют пространственных размеров? У нас трехмерный мир или как?

Потому что https://ru.wikipedia.org/wiki/Интерпретация_квантовой_механики
Выбирайте любую на вкус, но уважайте остальные.

Потому что господа учёные склонны заигрываться со своими формулами и прочим формальным аппаратом до того, что начинают видеть в них безусловную истину в последней инстанции. Ученик 7-го класса понимает, что материальных точек, нерастяжимых нитей, абсолютно твёрдых тел и т. п. в природе нет, что это всё абстракции. Но пожилому дяде, который всю жизнь с этими абстракциями работает, все зубы успел на них съесть, это уже не так легко понять. Это глупо, но так по-человечески! Многим из этих господ стоило бы перечесть ту ленинскую работу, у которой такое длинное и неудобопроизносимое название. Это ж надо было так загнуть: эмпи-рио-кри-ти-цизм! А впрочем, думаю, если бы Ильич озаглавил "Материализм и эмпириокритицизм" не так, а, допустим, "Шаг вперёд - два шага назад",или "Homo ludens",или "Так говорил Заратустра",или "Игры, в которые играют люди",или даже "Моя борьба" - ничего бы не изменилось: для этих господ существует только то, с чем они непосредственно работают.

Ну почему же не имеют. Молекулы, атомы, атомные ядра, протоны, нейтроны вполне имеют.
Не имеют размера фундаментальные частицы, такие как фотон, электрон, кварк...

Ни в один микроскоп их не видно вот и придумывают что ни попадя

А ничё не имеет размеров. Возьми штангенциркуль и нажим посильней - и "размер" измеряемог уменьшится ))) ...причем гораздо больше, чем у "квантовой частицы".

...псё дело в прпорциях