как можно объяснить господство в палеозое древних папоротников и их полное исчезновение в этой же эре

Около 400- 360 млн. лет назад в девонском периоде палеозойской эры на фоне преобладания на Земле риниофитов и водорослей появились первые папоротникообразные (папоротники, хвощи, плауны) и моховидные растения. Они относятся к высшим споровым растениям.

Около 300 млн. лет назад климат на Земле был теплым и влажным, а атмосфера насыщена углекислым газом. В таких условиях начали развиваться папоротникообразные растения. Они образовывали леса на всех континентах нашей планеты, включая Антарктиду.
В это время лесами из древовидных хвощей, плаунов и папоротников были покрыты обширные территории.

В каменноугольном периоде, который длился с 360 до 280 млн. лет назад, доказано появление на нашей планете семенных папоротников, которые в дальнейшем стали родоначальниками всех голосеменных растений. В это время полностью исчезают риниофиты из-за невозможности конкурировать с более развитыми растениями. А господствовавшие тогда огромнейшие древовидные папоротникообразные после отмирания образовали залежи каменного угля. http://bookchoice.ru/otvety-po-predmetam/biologiya/kak-mozhno-obyasnit-gospodstvo-v-paleozoe-drevnix-paporotnikoobraznyx-i-ix-polnoe-ischeznovenie-v-etoj-ere.html

Тем, что по этому признаку эру выделили.

И что, в мезозое древних папоротников уже не было? А какие они тогда были, уже не древние?

Кордаиты это не папоротники))).... вымерли споровые папоротники и то вроде как не все, голосеменные еще долго жили.... много хвощей было в палеозое.... весь палеозой по растениям не выделяется только верхняя граница ( по времени отмирания кордаитов, естественно только для континентальных отложений), а в начале палеозоя растений вообще еще не было....