Если допустим изобрели аппарат уменьшения, то как это работает? Уменьшаются атомы? Или сокращаются в количестве?

Очень просто. Измерили объем черного ящика снаружи - получили литр, а в нем отсек померяли изнутри - 10-литровое ведро.
Я такой аппарат сам сделал, у меня в тумбочке хранится. Я при помощи него в велосипедной корзине перевожу продукты из магазина. Есть и другая версия прибора, еще круче. Так я ее устанавливаю на корзину, когда нужно на велосипеде трактор перевезти.

Спроси у того, кто изобрел.

такой прибор уже давно изобретен)) -это вогнутая линза))

Придется изменить все квантовые константы. Например, уменьшенный или увеличенный заряд электрона позволит ему занять неразрешенные уровни-ближе или дальше от ядра. (Кто знает-куда?...) Ну и тд, с другими частицами. Но, Вселенная этого не позволит. Это, если уменьшить атомы... Но, будут ли они стабильными? Может сразу взорвутся, с выделением огромного количества энергии? А. если сокращать количество атомов-не нарушится ли качественное соотношение, например, между частями тела у человека. Например, голова отвалится, из-за недостаточной прочности шеи.

Иди от обратного - увеличивается размер Вселенной. А судя по последним математическим доказательствам, кто-то пользуется приборами уменьшения без остановки.

Если уж такую фантастику рассматривать, то уменьшается расстояние между атомами или радиус электронных оболочек.

расстояние между атомами - по одной гипотезе. По второй - само пространство вместе с атомами и расстоянием, но это из области фантастики. А предел, кто его знает. Но вроде как существующий предел - это радиус шварцшильда - такой радиус, когда тело превращается в черную дыру. Для планеты Земля это 9 мм. :)