есть научная классификация живых организмов, и их устройство

1) Классификацию можно построить разными способами. Принятая в биологии - это своего рода соглашение, она не отражает всей картины, просто устанавливает некоторый порядок. Про горизонтальный перенос генов вам рассказали уже. А есть еще, например, настолько тесное сотрудничество организмов (лишайники), что их не понятно куда относить. Так же есть расхождения между деревьями, построенными по анатомическим признакам и деревья, построенные на основе генетического сходства. Есть некоторая размытость границ между видами..

2) Да, классифицировать можно не только животных. Слова и звуки тоже классифицируют. Основы этого проходят на уроках русского языка - помните - части речи, склонения, род, число, падеж... Это аналоги анатомических признаков слова, по которым можно построить систему языка. Есть и своя "генетика" - деревья, отражающие происхождение слов друг от друга. А в лингвистике такие деревья строят для целых языков. И все остальное тоже классифицируют. "Разделяй и властвуй" - универсальный и очень мощный инструмент для обработки информации.

3) Да, есть универсальные принципы классификации. Основой является понятие признака и набор его значений. Если для объектов исследования установлен набор признаков для сравнения, можем строить классификацию.

4) Как только различия (признаки) обнаружили, можно вполне построить автоматический алгоритм для классификации. В зависимости от ряда факторов (количество признаков, их диапазон, надежность исходных данных и т. д.) эти алгоритмы могут быть как очень простыми, выражающимися простейшими правилами вида "если - то" или очень сложными, как, например, алгоритмы распознавания произвольных объектов.
Насчет автоматического выявления признаков - наверное, можно и это организовать.

5) мозг световые волны обрабатывает не мгновенно. Какое-то время ему нужно, более того, мозгу приходится идти на множество ухищрений, чтобы получить удовлетворительный результат и "уложиться в норматив". Грубо говоря, большую часть информации мозг просто игнорирует.

Короче, в принципе, возможно то, о чем вы говорите. Но пока что это сделать в полном объеме не получается, но многие к этому стремятся, так что это вопрос будущего (скорее всего, не очень отдаленного).

мир сложнее, даже в биологии такое не всегда проходит, например, есть горизонтальный перенос.

Одни живут - другие минералы. О....