Если Вселенная это "Матрица", а все люди в ней NPС, то ка распознать пользователя?

Да не распознаешь его ибо он хитрее чем в кино. Он в каждом по чуть чуть. Вездесущь.

Если так рассуждать, совершенно не факт, что пользователя можно встретить в игре. Мы ведь смотрим фильмы, не участвуя в них и тем не менее получаем удовольствие от этого. Возможно, Матрица тоже сделана только для наблюдения, а не для непосредственного участия.

В ролике, кстати, есть ошибка в рассуждениях: не обязательно, что разработчик обязан делать программу так, чтобы существовало только то, что видит игрок. И совсем не обязательно изо всех сил пытаться ботам создавать иллюзию реальности - можно было при попытке разглядеть фотон или превысить скорость света просто выводить сообщение об исчерпании ресурса :-) Если уж нужно экономить, то это было бы проще, чем "сражаться до последнего" непонятно ради чего.

Хотя, возможно суть игры в этом и заключается, чтобы пользователь как можно дольше противостоял тому, чтобы боты раскрыли суть происходящего. Так, боты догадались, что геоцентрическая система противоречива, игрокам пришлось усовершенствовать модель, пустив планеты вращаться вокруг солнца, а потом добавлять еще миллиарды систем, галактик и т. д. И все в кратчайшие сроки.

При условии всех сделанных Вами предположений, на прямую - никак. Косвенно можно, но гарантий никаких: например если NPC наблюдает как кто-то перепрыгивает небоскрёб, то может предположить, например, что видит "пользователя" ( ну или, что он сошёл с ума, что более вероятно).
Я где-то читал про предположение о способе понять находимся ли мы в симуляции: не сговариваясь гигантскому количеству народа собраться в одном месте, тогда "железо" начнёт лагать и все NPC будут наблюдать сбои в картинке. Но это всё из области шутки, т. к. никаких рычагов влияния у NPC быть в принципе не может.

А ещё игра, если таковой является матрица, просто стоит на автомате. Или пользователь играет в режиме бога. Как в Simcity, или в Civilization, к примеру.