Могут ли генетические мутации быть не результатом случая, а программированием самого организма? (см. внутри)

не могут. потому. как по ним замечательно видно, что они возникали случайно, где попало и как попало.

свой геном направленно вроде никто не меняет, есть редчайшие примеры эпигенетических признаков, но и с ними вроде генетики разбираются каждый раз.

Нет, вопрос-то хорошо изучен. Многоклеточные регулируют ЧАСТОТУ ВОЗНИКНОВЕНИЯ мутаций (стресс их повышает, за счёт ослабления подавления мобильности мДГ) - но не могут программировать сами мутации (что именно изменится). Это работа уже для отбора - выбрать из большого количества случайных уродов тех, что нужны в этой стрессовой ситуации.

Мутация, которая бы пригодилась в дальнейшем, разрабатывается и внедряется высшими разумными субстанциями из меж-параллельного Мира. Все другие (случайные) погибают.

"ответ самого организма на особенности окружающей среды" - это либо приспособление генотипа к условиям, либо его гибель. Максимально можно лишь управлять нормой реакции на влияние среды, которая однако имеет свои границы, но не изменять волевыми усилиями свой генотип, ибо это уже считается ламаркизмом (помните - желание жирафа вытянуть свою шею).

Совсем целенаправленного "сознательного" управления мутациями у живых организмов нет. Но есть такой известный эффект, что при сложных условиях жизни повышается общий уровень мутагенеза (за счет отключения некоторых механизмов генетического контроля), что приводит к тому, что потомство становится более разнообразным - кто-то будет уродом и помрёт, а кто-то окажется более приспособленным к новым условиям жизни и тем самым продолжит жизнь вида. Причем как условия оказываются "приятными" (т. е. удобными для данного генотипа), так скорость мутаций опять падает (ибо изменяться уже не нужно).
Но всё это - это, очевидно, так же эволюционно найденный механизм (те, кто не мутировали в плохих условиях, просто вымирали от этих плохих условий), а не какое-то целесообразное поведение. В эволюции вообще нет целесообразности.