Почему одни тела прозрачны, а другие нет.

Если фотоны пролетают через вещество без поглощения и без рассеяния, то вещество считается прозрачным.

Одни пропускают свет, другие нет

Для прикола. не иначе! представь непрозрачное лобовое стекло

атомы прозрачных поглощают и переизлучают, передавая фотоны как эстафетную палочку

Атомы прозрачных переизлучают фотоны переводя свет в свет, а атомы непрозрачных поглощают фотоны переводя свет в тепло.

1) Видимый диапазон - ооооочень маленькая часть спектра электромагнитного излучения. При этом вода замечательно поглощает инфракрасное излучение, а стекло - ультрафиолетовое.
2) Главный канал поглощения видимого света - система, образованная всеми валентными электронами вещества (по крайней мере если говорить о кристаллах). Но чтобы вещество поглотило фотон, должен найтись электрон, энергия которого после поглощения попадёт во множество допустимых энергий, причём должно быть свободное состояние ("место для электрона") с этой энергией.
Множество допустимых энергий электрона зависит от вещества и определяется сложной математикой (современные компьютеры не осиливают объём вычислений, необходимый для получения точных результатов, и приходится довольствоваться приближениями).
3) Как известно, у разреженных газов спектр поглощения состоит из узких полос, потому что спектр возможных энергий электронов тоже состоит из узких полос. У жидкостей и твёрдых тел каждая полоса в спектре энергий расползается благодаря взаимодействию между атомами (множество состояний с одинаковыми энергиями становятся состояниями с разными энергиями). Это позволяет жидкостям и твёрдым телам быть непрозрачными для всего видимого света.