Почему космический корабль должен весить несколько тонн, вместо нанно-корабля в несколько килограммов?

Это как с женской грудью: 3 размер значительно лучше, чем 0,3..))

а что не делают нано-трамваи?

Вы влезете в нано-корабль? Нет. А чтоб влезли, и могли там как минимум дышать, и не замерзнуть насмерть, приходится ставить там кучу оборудования.
А космические аппараты массой несколько кг вполне себе есть, в. тч межпланетные зонды. Только их кораблями называть не принято.

Под космическим кораблем обычно имеется в виду аппарат, который может использоваться как пилотируемый человеком. А космических аппаратов массой в несколько килограммов сколько угодно. Их чаще всего выводят на орбиту мощной ракетой сразу десятками, но есть и маленькие космические ракеты, например, японская SS-520 весит 2,6 тонны и тащит на орбиту только несколько килограммов.

Чем меньше размер/вес, тем сильнее мешает сопротивление воздуха. Это примерно, как попытаться бросить пушинку)

ну не умеют покуда такие движки делать. уже ответили ракеты с топливом весят несколько тонн. а полезный груз там мизер

Давайте объясню правильно: предположим разгоните Вы свой нано кораблик, ну скажем лазером с земли или разгонным модулем ...и полетел он как лучик света, быстро - быстро...
Вроде бы всё здорово... Да?
Теперь давайте посчитаем какое количество энергии нам потребуется, что бы его затормозить у планеты, к которой мы так стремимся...
Вот и ответ... или мимо пролетит как лучик света... или врежется в планету (а ведь ему ещё нужно топливо для манёвра, что бы не промахнуться)...

Космический корабль - то, на чем человек может летать. Размеры и масса соответствующие. А спутник может быть размером 10 см и массой меньше 1 кг.

Не должен, таки есть мелкие спутники, массой в килограммы.