Какова роль пустоты в атоме, её там ведь больше 99 процентов?

Роль пустоты в атоме изучает наука Физика вакуума.
Если в первом приближении, то все состоит из вакуума и точечных безразмерных объектов.
С объектами более менее понятно - смотрите теорию струн,
А вот с вакуумом совершено не понятно, потому что в нём наблюдаются огромные массы материи и виртуальных частиц.
Вот собственно, потому что "Природа не любит пустоты" там что-то есть, но никакой материи обнаружить экспериментальным путём пока там не удаётся.
Но она есть, иначе и быть не может.
Так же как 300 лет назад электромагнитное поле было, но людям до него не было дела.
Пройдёт ещё лет 300 и узнаем из чего состоит пустота в атоме ...

Надо же где-то электрону гонять :)

В атоме нет пустоты и вообще пустоты нет в природе. Все пространство заполнено веществом и структурой вихревой среды эфира...

Это как с женщинами — полно бездетных, но при определённых условиях это "пустота" может и перестать быть такой: всё пространство заполнено уже! Заполнено "виртуальными частицами", их нет, но они могут появиться. При определённых условиях. Не понятно? Тогда переведи слово "виртуальный" на русский — это "кажущийся".

Когда встарину говорили, что кажется, отвечали: креститься надо.

не мы создавали атом, и нам этого никогда не понять, каГбы ни хотелось. (если б атом создал "дядя Вася" другой человек смог бы допЕтрить, а так - шансов нет).

Это не пустота, это поля.

планетарная модель объясняет опыты, но не является верной, слишком малая масса

В атоме вообще нет пустоты в обычном смысле.
Электроны - не шарики с чёткой границей.

Чем мерил?