Почему свет проходит сквозь стекло!? Почему фотоны не отражаются обратно, а проходят сквозь

потому что фотоны поглощаются только целиком.. .и излучаются только целиком :) А у электрона в атоме есть некоторые энергетические уровни, между которыми он может перемещаться, и если вдруг при попытке поглотить фотон он оказывается где-то между уровнями, то он не может закончить начатое, и почти сразу переизлучает фотон обратно (то есть не может его удержать и отправляет дальше в полёт). Потому у каждого электрона в атоме есть лишь небольшое окошко частот фотонов (точнее несколько таких "окошек"), которые он может поглощать, а все остальные он пропускает лишь слегка задерживая. Ну а так как в атоме зачастую есть много электронов, то он может поглощать иногда даже целые спектры.

Вот с металлами всё обстоит куда интереснее :) Они образовывают кристаллическую решётку, в которой много свободных электронов, поглощающих почти всё, что в них попадёт, а потом переизлучают почти всё это обратно. Потому почти любой (а возможно и любой) имеет металлический блеск, а хорошо отшлифованный металл имеет зеркальную поверхность.

сквозь стекло проходят фотоны именно видимого спектра а инфракрасные и ультрафиолетовые задерживаются (поэтому его и используют для окон)
и так со всеми веществами, одни волны проходят другие нет

потому что стекло - прозрачное

Сквозь разные вещества могут пройти волны разной частоты. Сквозь стекло видимый свет, сквозь сталь электро-магнитные волны.