Монастырь находится в 28 километрах севернее Пскова на Гдовской дорге. Спасо-Елизаровский монастырь был основан преподобным Евфросином, Псковским чудотворцем, родившимся около 1386 года, и крещенным Елизаром. В 1425 г. он удалился в непроходимое пустынное место, на берег реки Толвы. Здесь ему, в сонном видении, явились три Святителя: Василий Великий, Григорий Богослов и Иоанн Златоуст, они указали место для сооружения храма в их имя.
Позже к Евфросину начали стекаться подвижники. С их помощью были выстроены деревянная церковь во имя трёх Святителей, а так же и кельи для братии. Затем для расширения территории пустыни был засыпан правый рукав реки. По представлении Преподобного Евфросина монастырь перенесён на гору, а на прежнем месте устроено кладбище с церковью во имя Преподобного. В новой обители построена каменная соборная церковь трёх Святителей и туда перенесены мощи Евфросина. В последствии была построена деревянная церковь Преподобного Онуфрия. Годом основания монастыря считается 1447.
Псковский Спасо-Елизаровский монастырь по значимости занимает особое место в мировой истории. Именно сюда была принесена Цареградская икона Божией Матери. Когда началось разделение Церкви на западную и восточную, именно этот образ Пресвятой Богородицы чудесным образом был перенесен в Константинополь из Рима в 1051 году.
Приняв на русской земле икону Пресвятой Богородицы, преподобный Евфросин получил и откровение о мистической Римской империи, которая есть образ Царства Божия на земле, и о Москве, как Третьем Риме. Но лишь спустя столетие, когда усилилось Московское государство, старец Спасо-Елизаровской обители Филофей пророчествовал всему миру: "Два убо Рима падоша, а третий стоит, а четвертому не быти". Слова старца Филофея через сто с лишним лет были почти дословно повторены в Уложенной грамоте Московского Освященного Собора 1589 года, утверждавшей патриаршество на Руси и подписанной Константинопольским патриархом Иеремией. Слова старца Филофея отлиты на уникальном листовом колоколе - биле - в Елиазаровском монастыре.
В 1918 году бесовская власть закрыла монастырь и жестоко умертивила монахов. В Елизаровской обители распологались институт, Народный дом, дом дефективных детей, детский санаторий и база отдыха. В результате от двадцати строений остались только соборный храм и двухэтажный братский корпус.
Святой источник находится в полукилометре от монастыря по левую сторону Гдовской дороги, если ехать от Санкт Петербурга. История возникновения святого источника такова: Преподобный Евфросин для выяснения богословких вопросов пешком ходил в Константинополь и там был принят самим Константинопольским патриархом, который на благословение пустынножительной обители, основанной у Толвского озера, подарил Евфросину Цареградскую икону Божией Матери. Дар был сделан накануне принятия Константинополем Флорентийской унии. За четыре столетия до этого события, когда началось разделение Церкви на западную и восточную, именно этот образ Пресвятой Богородицы чудесным образом был явлен в Константинополе. Когда преподобный Ефросин возвращался из Константинополя с иконой, братия встречала святую икону, выйдя на дорогу, ведущую в Псков. На этом месте и забил святой источник, именуемый Пречистенским.