В 1337 году Сергий Радонежский основал небольшой общежительный монастырь с деревянным храмом во имя Святой Троицы близ Хотькова, на холме Маковец (храм был освящён в 1340 году) В 1355 году в монастыре был введён новый, общежитийный устав [5]. Территория монастыря была разделена на три части — жилую, общественную и оборонительную; игуменом монастыря поначалу был игумен Митрофан, постригший Сергия в монахи. После смерти Митрофана, игуменом монастыря стал преподобный Сергий Радонежский. План монастыря, установленный тогда, в общих чертах дошёл до наших дней (прямоугольный внутренний двор с церковью и трапезной, окружённый с четырёх сторон кельями) . Вскоре Троицкий монастырь стал духовным центром Московских земель, поддержкой московских князей.
Здесь в 1380 году отец Сергий благословил войско князя Дмитрия Ивановича, отправлявшееся на сражение с Мамаем. 8 сентября 1380 года во время Куликовской битвы на поле боя вышли монах и богатырь Троицкого монастыря — Пересвет и Ослябя. В 1392 году преподобный Сергий преставился [5], а основанный им монастырь на протяжении нескольких столетий являлся культурным и религиозным центром Российского государства [1]:5 (в монастыре составлялись летописи, переписывались рукописи, писались иконы; в XV веке здесь было создано «Житие преподобного Сергия Радонежского» , один из крупнейших памятников старорусской литературы, ценнейший исторический документ
В 1408 году монастырь был разграблен и сожжён татарским ханом Едигеем, но следующие 200 лет его истории прошли почти безоблачно. Монастырь отстраивался, развивался, стал одной из главных российских святынь. В 1422 году на месте деревянной церкви игуменом Никоном был заложен главный храм обители — Троицкий собор, построенный силами сербских монахов из Косово, нашедших прибежище в монастыре после битвы на Косовом Поле; позднее за монастырём закрепилось название «Троице-Сергиева Лавра» . При строительстве собора были обретены мощи преподобного Сергия. В росписи храма участвовали выдающиеся иконописцы Андрей Рублёв и Даниил Чёрный, для иконостаса собора была написана знаменитая «Троица»
Монастырю благоволили русские цари; они регулярно совершали паломничества к святым местам Троице-Сергия («Троицкий ход») ; в монастыре был крещён Иван Грозный. В 1682 году, во время Стрелецкого бунта, монастырь послужил убежищем для царевны Софьи Алексеевны, царевичей Ивана и Петра. В 1689 году в монастыре укрывался спасшийся из Москвы бегством Пётр I
В XVIII—XIX веках Троице-Сергиева Лавра являлась одним из богатейших монастырей России, входила в число самых крупных землевладельцев (в 1763 году, в преддверии крупной конфискации церковных земель, Лавре принадлежало более 100 тысяч душ крестьян)
Первая комиссия по охране памятников искусства и старины Троице-Сергиевой Лавры была создана ещё в 1918 году, однако проходившие под её наблюдением реставрационные работы были не систематическими, не существовало единого проекта реставрации. Инициатором и организатором планомерных реставрационно-восстановительных работ стал директор Загорского историко-художественного музея С. А. Будаев, заказчиком — Загорский музей, в 1938 году был приглашён молодой архитектор И. В. Трофимов. Ему было поручено, в развитие декрета 1920 года, подписанного Лениным, об обращении ансамбля Троице-Сергиевой Лавры в музей, подготовить обоснованный доклад в Совнарком РСФСР о выделении средств на научную реставрацию памятников этого историко-художественного ансамбля.
В 1993 году архитектурный ансамбль лавры вошёл в Список всемирного наследия ЮНЕСКО.