Дом Перкунаса был возведен в XV веке. Представляет собой образец поздней готики.
Дом Перкунаса еще называют «средневековым реликтом» . Им особенно заинтересовались в XIX веке, когда в его стене была обнаружена (а позже утеряна) бронзовая статуэтка языческого бога Перкунаса. В балтийской мифологии так называют бога-громовержца. Было объявлено, что эта постройка была языческим храмом этого бога. Эта красивая версия была настолько сильна, что именем Перкунаса дом называется до сегодняшних дней. К тому же, знаменитое здание устойчиво связывают с языческой религией Литовского княжества и даже называют «святилищем бога-громовержца» , забывая о том факте, что язычники никогда не возводили здания в стиле пламенной готики и что важно, в XIV веке Литва уже была окрещена.
По предположению исследователей, существующий двухэтажный готический дом с подвалом был построен как контора-склад купцов Ганзы. Его планировка свойственна общественному зданию. Дом несколько раз реконструировали, особенно в XVII и XVIII веках, но главный, торцовый фасад остался в готическом стиле. В 1965- 1968 годах дом отреставрировали и частично реконструировали. Автором проекта реставрации выступал архитектор Д. Заряцкене.
После восстановления независимости, дом Перкунаса был возвращен иезуитам, во владении которых здание находилось после Первой мировой войны. Сейчас дом принадлежит каунасской гимназии иезуитов.
Благодаря уникальности своей композиции, дом Перкунаса является одним из ценнейших готических архитектурных памятников Литвы.