Подскажите, где переночевать в Москве, приезжаем в Москву в 17.00 на Московский вокзал,

на вокзале можно перекантоваться

Из Москвы к 3 часам ночи попасть в Домодедово проблематичо. Лучше сразу ехать в Домодедово и ночевать там. Отель возле аэропорта Домодедово Вам уже подсказали, я бы просто в здании аэровокзала дожидался - при наличии билета на авиарейс уж точно не погонят!
Аэроэкспресс - удовольствие дорогое, .автобус 308 от метро Домодедовская - в несколько раз дешевле и не дольше. Я на нем ездил не раз, в будни и в выходные - в заторах не застрял ни разу. Время Вас не поджимает. https://moscow-airports.com/domodedovo/raspisanie-avtobusa-308

http://otzovik.com/review_987805.html

С Ярославского вокзала (м. Комсомольская) поезжайте сразу на Павелецкий вокзал на метро до м. Павелецкая. Оставьте вещи в камере хранения. Туалеты чистые и бесплатные. Умойтесь. освежитесь. Купите в кассе билеты на аэроэкспресс. Возможно, понадобится паспорт. И погуляйте по Москве.
Съездите на Патриаршие пруды, пройдитесь по бульварам до ул. Тверской, спуститесь до Александровского сада, погуляйте по Кремлю (потребуется на месте купить билет), потом по Красной площади, дойдите до парка Зарядье и по мосту до Балчуга - великолепные виды, фонтаны.
На сайте аэроэкспресс тчк ру узнайте заранее расписание аэроэкспрессов до Домодедово. И сразу приезжайте к отходу с запасом в минут 20-30. Отправляются каждые полчаса.

в москве нету московского вокзала

А где такой вокзал тут? Ну вообще на вокзалах есть гостницп