Наивную этимологию рассматривать не будем. И Кинешма произошла не от 'кинешь мя', и Яхрома – не от 'я хрома', и Череповец – не от 'череп овец'. Это всего лишь попытка объяснить непонятное старинное название при помощи слов современного языка.
Судя по памятникам XV – XVII вв., Череповесь (позже Череповец) – это название не отдельного населённого пункта, а целой округи, т. е. административно-территориальной единицы типа волости:
«Повезут к Москве рыбу... от Воскресенья с Череповси да от Николы с Ковжи»;
«...пришли неведомо какие люди в Череповец, а в Агеево поместье Якушкина, и учали перевозиться на белозерскую сторону Шексны (Арх. Стр., II, 464);
«Ныне живет в Череповце в селе Федосьеве» (ГИМ, ф. 450, № 940, л. 34).
В XVI в. от названия Череповесь образуется относительное прилагательное череповский, субстантивация которого приводит к формированию ряда топонимов: «На р. Шексне под Череповским монастырем на ямской дороге у Череповского яму на усть р. Ягорбы... перевоз на оброке за митрополичьим крестьянином Череповской волости за Тренькою Опихаловым» (ПКЕ Белоз 1585, 12).
В конце XIV – начале XV в. монахами Троице-Сергиева монастыря Афанасием и Феодосией при впадении р. Ягорбы в Шексну был основан Воскресенский монастырь. В памятниках XV в. он называется монастырём «Воскресенским в Череповси», XVI – XVIII вв. – Череповским Воскресенским монастырём (Зверинский, II, № 738; Амвросий, 656). Подле монастыря располагалась подмонастырская слобода, где жили работники, и с. Федосьево, названное, по-видимому, по имени одного из основателей монастыря. В 1777 г. по указу Екатерины II слобода и село были преобразованы в город. И монастырь и город получили название по местности Череповесь > Череповец.
По одной из версий, основа названия Череповец восходит к слову череп, известному в говорах в значении 'верхняя часть чего-то', 'возвышенное место, холм', формант – к слову весь – 'деревня', т. е. Череповец – поселение на возвышении. М. Фасмер считает такую этимологию недостоверной.
Возможно, что Череповесь в далёком прошлом – это название водного источника (реки, озера), поскольку в диалектах ряда угро-финских языков, в частности вепсского, сохранилось слово vezi в значении 'вода', в фин. vesi – то же, mudavesi – 'мутная вода'. Ср. vesi, vezi и древнюю форму топонима Череповьси, Череповѣсь. Происхождение основы гидронима – Череп – неясно. В древней Руси название водного источника становилось обычно наименованием целой округи, волости, т. е. Череповѣсь – название реки (озера) > волости.
https://vologda_toponyms.academic.ru/514/Череповец
