Из википедии:
Долгое время была распространена версия, что слово «барнаул» переводилось с казахского языка как «хорошее стойбище» или «аул Барна», если считать, что Барн — имя одного из кочевников Сибирского ханства. Но, по мнению историков, это не более чем народная этимология, поскольку у казахов нет таких имён, как Барн, а для обозначения хорошего пастбища есть термин «джайляу».
Другая версия заключается в привязке к названию реки Барнаулки, которая на чертежах конца XVIII века названа Бороноул или Бороноур. В некоторых документах река значится под названием Баранаул, и лишь в 1745 году на карте Шелегина она обозначена как река Барнаул. Томский профессор А. П. Дульзон предположил, что название города состоит из двух кетских слов: боруан — «волки» и уль, ул — «река», «вода». Таким образом, Барнаул — «волчья река». Этот вариант подкрепляется тем, что в ленточном бору, по которому протекает Барнаулка, ранее водились волки, а в районе истоков реки расположено множество озёр. К тому же, волк считался священным животным среди жителей Алтая. Со временем, приспособившись к русскому говору, слово дало название городу
Барнаульский историк и археолог А. Уманский развил версию о реке и попытался перевести, предполагая, что название имеет телеутские корни. По его мнению, «боронаул»/«бороноул» произошло в результате языковых метаморфоз от телеутского слова «поронгыул», где «по-ронгы» — «мутная вода», «ул» — река. Таким образом, Барнаулка переводится как «мутная река». Она действительно изобилует органическими и минеральными веществами, в том числе песком