Пожалуйста, скажите в какой последовательности проходить серию игры Warhammer

В любом. Сюжетно в 40к связана друг с другом только серия Dawn of War (Dawn of War, Dawn of War 2, Dawn of War 2 Chaos Rising, Dawn of War 2 Retribution, Dawn of War 3, дополнения к первой части в сюжетном плане не играют особой роли) и Battlefleet Gothic Armada 1-2 (главным героем в Имперской кампании, но связь между двумя частями шита белыми нитками, т. к. между ними промежуток почти в 1000 лет).
У Fantasy Battles сюжетная связь есть между старушками Shadow of Horned Rat и Dark Omen. Ну и современные экшены Vermintied 1-2 связаны друг с другом героями.
В Total War: Warhammer 1-2 - если купить обе части, то во второй будет доступна объединенная карта со всем контентом обеих игр.

Разница в том, что просто Warhammer - это фэнтези-вселенная, а 40К - фантастика про далекое будущее. Связь между ними во многом только из-за местных богов (4 Бога Хаоса, боги эльдаров и орков). Fantasy Battles официально уничтожена и на её место пришла вселенная Age of Sigmar.
40к развивается отдельно. Знакомство лучше начать не с видео игр, а книги правил настольной игры (т. к. там кратко раскрывается лор), ведь Ваха пошла как раз с настолки, и официальной литературе. Первым книгам из цикла "Ересь Хоруса", например.