в какой папке автозапуск программ?

Автозапуск разным бывает.
Есть Пуск-программ-авторазрузка. Это лежит C:\Documents and Settings\All Users\Главное меню\Программы\Автозагрузка
И C:\Documents and Settings\User\Главное меню\Программы\Автозагрузка
User- Имя учетной записи пользователя.
Есть автозапуск непосредственно из реестра он тоже есть общий или только для конкретного пользователя.
Например ключ HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run отвечает за пользовательские программы в автокапуске.
Для общих будет HKEY_LOCAL_MACHINE итд. Где находится реестр описывать не стану. Это надолго. Редактируется редактором реестра запускаемым из командой из командной строки regedit.
Можно запускать и из других мест.
Например просто прописав в файл win.ini
В прочем точно так же все будет в реестре в конечном итоге.

Только как в папках Автозагрузка, так и тем более в самом реестре не находятся сами программы, там только ярлыки или указание имени и пути к нему. В папках Автозагрузка еще можно положить файл и он запуститься, в реестр это не получится конечно. Программы лежат на своих обычных местах, там куда их установили и вызываются когда к ним обращаются пользователь или система.
Что бы посмотреть что же в автозагрузке, в винде есть команда msconfig
Она вызывает "настройки системы" где доступно управление атозагрузкой. .
Есть более удобные и наглядные способы, например AutoRuns.exe, эта программа дает очень подробную информацию о программах и драйверах загружаемых системой. Удобно управлять автозагрузкой из программы ccleaner есть много полезных функций и очень наглядно отображается в AnVir Task Manager эта программа позволяет еще и тут же отправить на онлайн антивирусную проверку любой заподозренный файл. Есть и много других.

Кроме такого автозапуска есть автозапуск с носителя, компакт диска (самое распространенное) , флешки, сетевого диска или даже винчестера.
Это функция для комфорта пользователя, часто используется для распространения вирусов и ее многие отключают, Для сетевых дисков, жесткого диска она не нужна совершенно. Насчет CD и DVD вопрос спорный, но и от туда запуск можеет привести к заражению, но в первую очередь с флешек. Его нужно по возможности отключать, сейчас это могут многие твикеры, или очень удобно делать из AVZ (антивирус Зайцева, полезный инструмент для диагностики и исправления различных проблем)
Фалы загружаемые таким образом могут лежать где угодно, вирус например часто селится в корзино подобной папке, но всегда имеется в корне диска с автозапуском файл с именем autorun.inf В нем можно найти открыв его текстовым редактором команду запускающую программу, в команде будет имя и путь к исполняемому файлу.
Самый простой путь например избежать появления такого файла autorun.inf на своем винчестере где он совершенно лишний, это создать папку с тем же именем autorun.inf .
Думаю ответил по разным автозапускам достаточно подробно. Вообще следовало бы сначала уточнить, какой автозапуск и где. Очень трудно догадаться что человек хочет узнать по нечетким вопросам.

Команда msconfig - там увидишь

в папке автозапуск и в реестре