как объединить отсканированные листы в один документ в Adobe Reader

Стоит начать с того, что именно вы подразумеваете под "отсканированными листами". Нужен ли вам распознанный текст, для последующего редактирования, например, в Microsoft Word, или же достаточно просто графической копии ("сканов"). В первом случае вам необходимо воспользоваться системой оптического распознавания текста (OCR), наиболее популярная и эффективная - ABBYY FineReader. Во втором случае подойдёт практически любая программа просмотрщик/менеджер изображений, имеющая функцию получения изображений со сканера. В данном сегменте можно порекомендовать бесплатный XnView.
Формат PDF, просмотрщиком которого служит в том числе Adobe Reader, на самом деле не очень подходит для хранения конкретно сканов (но весьма неплох для сканов с добавленным текстовым слоем) . К тому же, практически исключает дальнейшие модификации. Сканы, пожалуй, наиболее эффективно хранить в формате PNG (если важно качество) или же JPEG (если важно максимально сократить занимаемое пространство) . Для сокращения размера итогового графического файла также рекомендуется делать черно-белые сканы (256 оттенков серого) .
Также можно использовать формат TIFF, допускающий сохранение множественных страниц в одном файле, правда здесь могут возникать проблемы при открытии таких многостраничных изображений в некотором ПО.

XnView . Файл - Пакетное сканирование. Программа бесплатная.

Adobe Acrobat

Вы изначально действуете неправильно. Вам нужно было открыть Finereader, сканировать из нее, и затем сохранять в любом виде. Кстати эта программа подойдет и для вашей задачи - откройте ею ваши файлы и сохраните в многостраничный pdf

склеить