Подскажите про Ж/Д. Изначально Один ж/д был разделен на две части "C" и "D". Будет лучше если их

Лучше не будет. Будет только хуже - при переустановки оси (если винт не будет разбит) придётся свои данные (временно) куда-то скидывать. А зачем такой гемор?
И ещё - некоторые вирусы заточены на разрушение пользовательских данных, которые хранятся в папке Мои документы - так что, помещая их на другой раздел, хоть в какой-то степени их защитишь.
И ещё - на раздел D сможешь записать образ системного диска. Тогда, если ось слетит, за 5-10 минут восстановишь её до состояния, когда был снят образ.

Тут важно, какие размеры у дисков.

Конечно оставить, слетит система личные файлы на (D) останутся

Такое разделение обычно служит для безопасности данных. Если держать в одном разделе ОС и ПО, в другом данные (документы, фотки, прочее), то даже при полном затирании ОС, Вы не теряете свои уникальные данные. Да и в случае необходимости переустановки, тупо формат Цэ, данные не страдают...

Оставь

Пусть будут отдельно, потому что диск С это системный диск, на нем по умолчанию все программы устанавливаюся, а на диске D пользователские файлы, так удобнее просто и при смене виндовс файлы на диске Д остаются целыми

Лучше оставить как есть. Затерев один раздел, ты не потеряешь другой.

Тут как вам удобно.

лучше разделять диск, на котором стоит операционная система и диск, на котором хранятся ваши данные