Где находятся эти собственные фермы мясокомбината Черкизовский. ?

В поисковике нашел вот это: ОБЩЕСТВО С ОГРАНИЧЕННОЙ ОТВЕТСТВЕННОСТЬЮ "ЧЕРКИЗОВО-СВИНОВОДСТВО", Учредитель: ООО "АПК "МИХАЙЛОВСКИЙ" Кем владеет организация: ООО "СГЦ "ВИШНЕВСКИЙ", Находится: обл. Липецкая, р-н Лев-Толстовский.
Но что там на самом деле? Потому, как - Численность работников 0 чел. (по данным ФНС за 2021 год).

Здесь https://cherkizovo.com/company/#/ внизу есть история развития группы Черкизово по годам, там указаны приобретенные и созданные компанией сельскохозяйственные предприятия. Ниже есть интерактивная карта. Конечно без особых подробностей, но какая-никакая информация есть. Конкретно по каждому предприятию или региону можно поискать информацию подробнее, я думаю можно найти.
Наличие собственного производства не гарантирует лучшее качество сырья. Это просто маркетинг.
Нет ничего удивительного в том, что компания владеет собственными с/х организациями. Фирма имеет довольно большую долю в своей отрасли и стремится к монополии, ей не составит труда расширять своё влияние на производителей сырья и выкупать их. К тому же это экономически выгодно, когда продукция почти на 100 % производится в рамках одной группы компаний. Для производства продукции не нужно искать производителей сырья, договариваться с ними об выгодном сотрудничестве. В таких условиях не нужно тратить много денег на коррупцию и намного проще вести различные финансовые махинации вроде отмывания денег, при этом не быть пойманным.

на хим заводе, откуда везут им ГМО, е добавки и всякие отходы, которые они называют "колбаса"

Внутри самого мясокомбината(почитай состав продукта)