Что значит выражение "исключение только подтверждает правило"?

Может быть так: А если есть исключения, то есть и правило. То есть правило с исключениями правильнее правила без исключений.
Или так: "мы не придумали другого способа вам отказать"

Значение слова Подтверждение по Ефремовой:
Подтверждение - 1. Процесс действия по знач. глаг. : подтвердить (1*).
2. То, что подтверждает, чем подтверждается что-л. ; свидетельство, доказательство.

Значение слова Подтверждение по Логическому словарю:
Подтверждение - — соответствие теории, закона, гипотезы некоторому факту или экспериментальному результату. В методоло­гии научного познания П. рассматривается как один из критериев истинности теории или закона. Для того чтобы установить, соответ­ствует ли теория действительности, т. е. верна ли она, из нее дедуци­руют предложение, говорящее о наблюдаемых или эксперименталь­но обнаруживаемых явлениях. Затем проводят наблюдения или ста­вят эксперимент, устанавливая истинность или ложность данного предложения. Если оно истинно, то это считается П. теории. Напр. , обнаружение химических элементов, предсказанных Д. И. Менделе­евым на основе его таблицы, было П. этой таблицы; обнаружение планеты Уран в месте, вычисленном согласно уравнениям небесной механики Ньютона, было П. механики и т. п. С логической точки зрения процедура П. описывается следующим образом. Пусть Т~ проверяемая теория, A — эмпирическое следствие этой теории, связь между Т и А может быть выражена условным суждением «Если Т, то A». В процессе проверки обнаруживается, что A истинно; делается вывод о том, что Т подтверждена. Схема рассуждения выглядит следующим образом: Такой вывод не дает достоверного заключения, поэтому на основа­нии истинности A мы не можем заключить, что теория Т также истинна, и говорим лишь, что теория Т подтверждена. Чем больше проверенных истинных следствий имеет теория, тем в большей сте­пени она считается подтвержденной. Следует иметь в виду, однако, что П. никогда не может быть полным и окончательным, т. е. сколько бы П. ни получила теория, мы не сможем утверждать, что она истинна. Число возможных эмпири­ческих следствий теории бесконечно, мы же можем проверить лишь конечное их число. Поэтому всегда сохраняется возможность того, что однажды предсказание теории окажется ложным. Напр. , утвер­ждение «Все лебеди белы» в течение столетий подтверждалось сот­нями и тысячами примеров, но однажды людям встретился черный лебедь и обнаружилось, что это утверждение ложно. Это говорит о том, что подтверждаемость некоторой теории еще не позволяет нам с уверенностью сказать, что теория истинна. Ложная теория может в течение длительного времени находить П.