В чем отличие автономной республики от союзной?

СССР по национальному признаку был разделен на 15 ССР. Признаки для их выделения: 1) более 1 млн компактно проживающих жителей заглавной национальности (в Литве - литовцев, в Молдавии - молдаван...), 2) выход этой территории к гос. границе. ССР имела свою СТОЛИЦУ, Конституцию (в ССР Средней Азии, например, женский возраст вступления в брак был ниже, чем в других ССР) и, главное, имела право на отделение и образование самостоятельного государства. Этим правом воспользовалась Финляндия. Исключение - Эстония, в которой проживало меньше млн эстонцев. Карело-Финская ССР потеряла .тот статус, т. к. количество карелов и финнов после ВОв сократилось. А татарстан, у которого всегда было больше млн, не имел выхода к границе, поэтому не имел права выхода из состава ССР, оставался АССР.
Территории, которые не отвечали хотя бы одному из этих признаков - АССР. Они не имели права выхода и жили согласуясь с конституцией ССР.
Ельцину пришлось править в очень сложное время. Автономии пришли в движение, местным правителям всем захотелось стать главами государств. Противиться было им сложно - Москву и так все кругом упрекали в имперских амбициях. Заявляли намерение выйти и Татарстан, и Якутия, и Тувы, и другие АССР. Заслуга Ельцина в том, что он (окружение, которое ОН создал) все-таки удержали Россию от распада и дробления. НО Это время смогут разложить по полочкам и проанализировать лет через 50, когда страсти улягутся...

автономная входила в состав союзной.

Автономией, при Союзе, емнип, называли республики которые не имели внешних границ.