Культ "Младшей сетрёнки" в аниме, откуда он взялся?

Это вообще-то связано не с аниме, мангой, и даже не конкретно с Японией.
Это связано с физиологией, а дальше: мультипликация, книгопечатание, кинематограф - просто форма.
Удачи в поисках соответствующих произведений для расширения кругозора.

Конкретных причин или истоков у этого нет. Аниме в принципе ещё с конца 80х-начала 90х встало на путь фетишизации всего и вся и гиперболизации фетишей. Тенденция к романтизации младших сестёр не единственная. Это работает и со старшими сёстрами, и с одноклассницами, и с подругами детства. С женской стороны также применимо к пейрингам аля учитель/ученица, семпай/кохай и т. д.

В начале 2010х аниме-рынок оказался перенасыщен продукцией, теперь можно найти абсолютно что угодно на любой вкус. Кто-то ищет обычную романтику, а у кого-то есть определённые фетиши, и этот самый перенасыщенный рынок старается угодить каждому зрителю. Конкретно "сестринский" бум пришёлся именно на 10-е.

младшие сестренки это лучшее что есть в нашей жизни

в японии инцесты это как завтрак, в аниме Печать Ветра хоть они и двоюродные брат и систра одна серовно влюблена в гг

Точные причины не знаю, но в Японии очень почитается и даже превозносится уважение к старшим (гораздо больше, чем в России) - так ещё и феминизм там далеко не в почёте. Так и выходит, что младшая сестра в буквальном смысле прислуживает старшему брату до достижения определённого возраста. Для японцев это норма и, разумеется, эта норма перенеслась и в японскую анимацию, но стечением времени извратилась из-за появления определённых жанров.