Почему в п.2.4 СанПина 2.1.4.1074-01 написано, что программа производственного контроля лаборатории должна согласовывать

На практике получается, что согласование ППК и консультации (можно платно) приходится делать в Центре Гигиены и Эпидемиологии, а утверждение ППК необходимо делать в Управлении Роспотребнадзора.
В связи с их реорганизацией два года назад, появилось такое разделение, но утверждением, а точнее постановкой подписи и печати Роспотребнадзора, занимаются специалисты Центра Гигиены, по одной простой причине, в штатном расписании Роспотребнадзора нет врача по гигиене труда и ещё нескольких специалистов.
Так что будет у вас и подпись руководителя организации, и подпись врача Центра гигиены как куратора и печать Роспотребнадзора.
Можете не согласовывать, это ваше право, может и не скоро придут, но вопросов и проблем потом больше, что то исправить уже в работающем предприятии тяжело, а на момент согласования можно и стенки подвинуть! да и подскажут как обыграть некоторые казалось бы нерешаемые проблемы, например с чистыми и грязными зонами.

Вы невнимательно читаете! Там написано то же самое:

СП 1.1.1058-01 п 2.6. Программа (план) производственного контроля составляется юридическим лицом, ..
Разработанная программа (план) производственного контроля согласовывается главным врачом (заместителем главного врача) центра государственного санитарно - эпидемиологического надзора, осуществляющего государственный санитарно - эпидемиологический надзор за деятельностью юридического лица, индивидуального предпринимателя, и утверждается руководителем организации.

Всё правильно написано. Сначала документ согласовывается, а потом утверждается. В чём вопрос?