Продал 1/4 долю квартиры

абз. 3 пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ
При реализации имущества, находящегося в общей долевой либо общей совместной собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета, исчисленного в соответствии с настоящим подпунктом, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле либо по договоренности между ними (в случае реализации имущества, находящегося в общей совместной собственности) .
Следует различать долю в имуществе (это доля, выделенная в натуре и признаваемая объектом индивидуальной собственности) и долю в праве общей долевой собственности. Налоговые органы (Письмо от 16.01.2008 N ВЕ-9-04/2) принимают решения о предоставлении имущественного налогового вычета при продаже имущества, руководствуясь законодательством РФ, в строгом соответствии с записями, содержащимися в Едином государственном реестре прав на недвижимое имущество и сделок с ним и свидетельстве о государственной регистрации прав. Так, если в указанном реестре и свидетельстве записано "комната", то имущественный налоговый вычет предоставляется как при продаже комнаты. Если в реестре и свидетельстве сделана запись "доля", то имущественный налоговый вычет предоставляется как при продаже доли (см. также Письмо Минфина России от 07.03.2008 N 03-04-05-01/60).
Если бы выделили свою долю " в натуре" и получили бы свидетельство, например, на комнату, то налоговый вычет вам бы был предоставлен в размере 1 млн. рублей.

продавалась квартира целиком? по одному договору?
в этом случае - правомерно

Налоговая права ТОЛЬКО в том случае, если продавалась ВСЯ квартира, т. е. продавцами выступали ВСЕ сособственники (владельцы долей) - тогда вычет распределяется между ними пропорционально долям, Вам, в частности, полагалось бы 1/4 от 1 млн. руб. = 250 т. р. (абз. 4 пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ) .
Но если по предметом Договора купли-продажи была ОДНА Ваша доля (Вы единственный продавец) , при этом владельцем доли Вы являлись менее 3-х лет, то Вам должен представляться вычет на всю сумму дохода от продажи, но не более 1 млн. руб.
Т. е. в этом случае налоговая НЕ ПРАВА, вычет Вам положен на 450 т. р.
Эти разъяснения содержатся многочисленных письмах налоговой, в т. ч. ПИСЬМО Минфина от 11 апреля 2007 г. N 03-04-05-01/109 и ПИСЬМО ФНС РФ от 13 августа 2009 г. N 3-5-04/1248@.
Удачи.

Налоговый вычет идет за покупку квартиры