сняли автомобиль с регистр.учета в 2009г., продали в 2010. Надо ли подавать декларацию за 2009 (есть запрос ИФНС) ?

Налоговая инспекция направила Вам запрос, скорее всего, потому что получила базу данных ГАИ, в которой по Вашей машине стоит дата снятия с учета в 2009 году. Соответственно, инспектор обоснованно предположил, что снятие машины с учета связано с фактом ее продажи.
Если машина действительно продана только в 2010 году, декларацию за 2009 год Вам подавать не надо - доход от продажи Вы же получили не в 2009 - ом? Вам только нужно пояснить это, чтобы претензий от инспекции в этом году не возникало. Это, действительно, можно сделать письменно. Направьте в инспекцию разъяснения по данному факту, желательно, конечно, с приложением копий документов, подтверждающих, что продажа машины произошла не в 2009 году (например, копию договора купли-продажи, где четко будет указана дата) . Письмо лучше направить заказное с уведомлением о вручении (чтобы Вы могли доказать, что отреагировали своевременно и претензий к Вам быть не может) .
А вот в 2011 году декларацию надо будет предоставить (за 2010 год) . Поскольку Вы уже на контроле (в связи с фактом отчуждения машины).

3-ндфл сдается за полученные доходы, а приснятии авто, вы дохода не получили, сответственно декларацию сдавать будете в 2011, но сходить в ИФНС надо обязательно и предъявить имеющиеся доказательства, вдрег какая то ошибка у них произошла, всякое бывает.