могут ли филиалы отчитываться в налоговой самостоятельно, не через головную организацию?

Согласно абзацу 2 статьи 19 НК РФ филиалы и иные обособленные подразделения российских организаций исполняют обязанности этих организаций по уплате налогов и сборов по месту нахождения этих филиалов и иных обособленных подразделений. При этом ни филиалы, ни представительства, ни прочие обособленные подразделения не являются самостоятельными налогоплательщиками.
НО!
В зависимости от вида налога обязанности по исчислению, уплате, представлению отчетности могут исполняться как головной организацией, так и обособленным подразделением - частично или полностью.
Налог на доходы физических лиц.
Согласно пункту 7 статьи 226 НК РФ организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Взносы на обязательное пенсионное страхование.
В соответствии с пунктом 8 статьи 24 Федерального закона от 15.12.2001 N 167 "Об обязательном пенсионном страховании в Российской Федерации" организации, в состав которых входят обособленные подразделения, перечисляют платежи по месту нахождения каждого из них. Определение условий для применения тарифов страховых взносов производится в целом по организации, включая обособленные подразделения.
Налог на прибыль организаций.
Согласно ст. 288 НК РФ:
- уплата авансовых платежей, а также сумм налога, подлежащих зачислению в доходную часть бюджетов субъектов Российской Федерации и бюджетов муниципальных образований, производится налогоплательщиками - российскими организациями по месту нахождения организации, а также по месту нахождения каждого из ее обособленных подразделений исходя из доли прибыли, приходящейся на эти обособленные подразделения… (п. 1 ст. 257 НК РФ) .
Та же история с налогом на имущество организаций.
А, соответственно, если филиал является налогоплательщиком этих налогов, то и отчетность имеет право представлять самостоятельно. Все зависит от налоговой политики головы в части уплаты налогов филиалом.
А с 1 января 2008 г. абзац 4 пункта 3 статьи 80 НК РФ запрещает отчитываться через филиалы только крупнейшим налогоплательщикам («налогоплательщики, в соответствии со статьей 83 НК РФ отнесенные к категории крупнейших, представляют все налоговые декларации (расчеты) , которые они обязаны представлять в соответствии с Кодексом, в налоговый орган по месту учета в качестве крупнейших налогоплательщиков») .

В Украине могут, но при этом вначале налогового периода Юр. лицо, или как вы пишете, -Головная организация должна обратиться в налоговый орган с соответствующим заявлением

Полность самостоятельно отчитываться не получится. Читайте ГК РФ 1 часть и НК РФ.

с 01.01 2008 нет это предусмотренно положениями НК РФ

Полностью согласна с Юлией Руденко, могу лишь добавить, что уведомление о применении права отчитываться и оплачивать налоги через филиал головной организации (по месту нахождения филиала! ) пишется 01 января!

имея доверенность от головной организации

Если филиал выделен на отдельный баланс и имеет свой расчетный счет, то он сам и сдает отчетность в налоговую. И не спорьте, лично делала и сдавала

не могли