Не подал налоговую декларацию в 2012 году, какие могут последствия? Может истек срок исковой давности?

1. Шанс, что непродекларированныая сделка всплывет, есть всегда. В Вашем случае он мал, так как имущество было в другом городе и стояло на учете в другой инспекции - вряд ли в то время инспекции обменивались такой информацией.
2. Отказать в предоставлении вычета за 2015 год изаза того, что Вы не предоставили декларацию за 2011 год, невозможно. Нет такого основания в законе. В случае чего оспаривается на раз-два.
Кроме того, нарушение - не представление декларации за 2011 год - Вы совершили в 2012-ом году (декларация должна была быть подана не позднее 30 апреля 2012 года). Трехлетний срок привлечения к налоговой ответственности истек в 2015-ом. Вас даже уже оштрафовать за непредставление декларации нельзя.
Так что не волнуйтесь, никаких последствий уже не будет.
3. К слову: обязанность предоставить декларацию связана не исключительно с фактом получения дохода от продажи имущества, бывшего в собственности менее 3-х лет.
Если Ваша квартира к моменту продажи быа в собственности больший срок - обязанности сдать декларацию не было вообще. Если менее - обязанность была.
Если Вы могли подтвердить, что продали квартиру за ту же сумму, что и купили, налог был равен 0 рублей. Но обязанности подать декларацию это не отменяло никак: нарушение Вы совершили и могли бы быть привлечены к отвественности в виде штрафа.
Но. повторюсь, прошло уже больше 3-х лет. Считайте "все прощено и забыто".

Если в 11 году вы купили квартиру за полтора млн. руб, и в этом же году ее продали за полтора млн. руб.,
то в 12 году вы должны были подать декларацию о доходах за 11 год- указать доход от продажи квартиры 1500 тыс. руб., заявить налог. вычет в размере расходов на ее приобретение- 1500 тыс руб (приложить договор и финдоки по расходам), рассчитать остаток 0 руб и с него НДФЛ 0 руб.
------------
Прибыли никакой у вас не было.
Был доход полтора млн. руб, но с учетом заявленного налог. вычета у вас налогоблагаем. база- 0 руб и 0 руб. НДФЛ.
Поэтому можете заявить и сейчас.
https://www.nalog.ru/rn77/fl/pay_taxes/flat/realty_sell/
Согласно п. 1 ст. 119 НК РФ непредставление в установленный законодательством о налогах и сборах срок налоговой декларации влечет взыскание штрафа в размере 5% неуплаченной суммы налога за каждый полный или неполный месяц со дня, установленного для ее представления, но не более 30% указанной суммы и не менее 1000 руб.
Так что штраф вам будет 1 тыс руб .
--------------------
ну и спокойно подадите заяву на вычет при покупке
ИМУЩЕСТВЕННЫЙ ВЫЧЕТ ПРИ ПРИОБРЕТЕНИИ ИМУЩЕСТВА
https://www.nalog.ru/rn77/fl/pay_taxes/flat/realty_buy/

3 года срок давности. Так что забудь..