Если я работала по договору подряда, справку 2ндфл мне не выдадут. Я все равно смогу получить 13% от оплаты за учебу?

Справку 2-НДФЛ Вам не могут не выдать.
Договор подряда и обычный трудовой договор с точки зрения налогообложения налогом на доходы физических лиц - равнозначны. Точно также доход по договору подряда облагается налогом по ставке 13 % (посмотрите подпункт 6 пункта 1 ст. 208 НК РФ - там нет разницы между этими доходами) . Точно также на налогового агента (а работодатель в этом случае выступает в роли налогового агента) возложена обязанность исчислить, удержать и перечислить налог в бюджет (посмотрите ст. 226 НК РФ - в ней сказано о "всех доходах, источником которых является налоговый агент", ограничений на договоры подряда в ней нет) . Следовательно, и обязанности работодателя в этом случае равнозначны.
Приказ ФНС России от 25.11.2005 № САЭ-3-4/616@ (с учетом более поздних изменений и дополнений) возлагает на работодателя обязанность ежегодно формировать и предоставлять в налоговую инспекцию справки формы 2-НДФЛ в отношении "каждого физического лица, получившего доходы от данного налогового агента, отдельно по каждой ставке налога". Здесь также нет ограничений на то, какой именно доход физическое лицо получило от данного конкретного работодателя - зарплату, дивиденды или выплаты по договору подряда.
Так что Ваш работодатель был обязан сформировать справку 2-НДФЛ на те доходы, которые Вы получили от него по договору подряда, и должен предоставить ее как в налоговую инспекцию, так и Вам по требованию.
С этой справкой (при наличии оснований) Вы, безусловно, можете обратиться с заявлением о предоставлении вычета.

Обязаны выдать справку 2-НДФЛ, организация или ИП все равно являются налоговыми агентами (НК РФ)

1) Почему не выдадут? ! Предприятие за вас налоги перечисляет и взносы в пенсионный! Требуйте!

2) за какую учебу? Поясните!