Могу ли я оспорить решение гаишника проезд на жёлтый свет, если я отметил в протаколе:проезд перекр. на мигающий зелёный

Вопрос некорректен и для большинства юристов содержит недостаточную, или неточную информацию.
Вы имеете право обжаловать большинство действий сотрудника ГИБДД. Но чтобы получить ответ по порядку обжалования и его перспективе необходимо знать какой документ составлен, кем, при каких обстоятельствах, в отношении какого лица, нарушение кокай нормы вменяется и согласно какой статье привлекается лицо к ответственности. Без этого можно нарассуждать на целую книжку.. .
Моё мнение, что въезд на перекрёсток при мигающем зелёном сигнале светофора нарушением ПДД не является. Бремя доказывания виновности в совершении правонарушения в данном случае лежит на инспекторе ГИБДД. В случае вынесении решения о привлечении Вас к ответсвенности и отсутствии в материалах дела фото-видео доказательств, а также показаний свидетелей не в Вашу пользу, имеются хорошие шансы отменить такое решение.

А на жОлтый свет проезжать иногда можно. На красный нельзя!

оспорить можно в том случае если у вас есть свидетели (а это наверняка не так)

Составив протокол, ИДПС ни какого процессуального решения не принимает. Протокол (в вашем случае) является документом, которым возбуждается производство по делу об АПН и одновременно является своего рода обвинительным актом. Поскольку проезд на включившийся после зелёного жёлтый сигнал может быть и разрешён и запрещён в зависимости от условий вашего движения, протокол не может повлечь для вас ни какого наказания до тех пор, пока не доказано, что вы МОГЛИ остановиться не прибегая к экстренному торможению, а как это ИДПС может сделать - непонятно.

Жаль, что вы не приводите ни статью 12-й главы КоАП РФ, (которая обязательно должна значиться в протоколе) , ни запись из протокола о существе вменяемого вам в вину нарушения. В отсутствие названных сведений комментировать качество протокола невозможно.