Сколько платить налога с продажи авто? Купил в мае 2010 за 743т. р. , продал в феврале 2013 за 540т. р.

13 % от 203000-125000

Машина в Вашей собственности была менее 3-х лет, поэтому не забудьте до 30 апреля 2014 года подать декларацию формы 3-НДФЛ за 2013 год.
А вот налог Вам платить не надо: машина продана дешевле, чем куплена.

Теперь по вопросу налога.
Очень хорошо, что у Вас сохранились документы на покупку машины - с их помощью Вы сможете избежать налога. И это просто замечательно, что имеются чеки к договору покупки.
В Вашем варианте при заполнении декларации Вам следует отразить:
- доход от продажи 540 000 руб.
- расходы на покупку (в качестве имущественного вычета на продажу прочего имущества) - 743 000 руб. + прикладываете копию договора на покупку и чека, подтверждающего уплату этих денег;
- налогооблагаемый доход:
540 000 - 743 000 < 0 = 0 руб.
- налог 0 руб.

Правы оба. В том смысле что вы сами можете выбирать какой вариант предпочесть.
Естественно первый лучше, однако тут вопрос в том, примет ли ФНС договор, как единственный документ подтверждающий передачу денег (или есть чеки, квитанции и т. п.) . Если с этим все хорошо - то налог будет 0.
В противном случае будете платить налог с разницы 543-250.
Причем следует учесть, что такой вычет можно применить только раз в календарный год. Т. е. если вы воспользуетесь этим вычетом, то с продажи другой машины в этом же году придется платить налог со всей суммы.

Если документы на покупку сохранили и при сдаче 3НДФЛ сможете их предъявить, то скорей всего платить не придется!