Буду ли я облагаться налогом при продажи квартиры?

В данном случае специалист скорее не прав. Не всегда 3-хлетний срок владения собственностью отсчитывается с даты регистрации Свидетельства. Так, например, при получении квартиры в наследство срок исчисляется не с даты выдачи Свидетельства, а с даты смерти наследодателя. При долевом строительстве - с даты заключения ДДУ и т. д. При присоединении новой доли к помещению, уже бывшему в собственности, срок исчисляется с даты получения в собственность помещения, к которому присоединяется доля. И в данном случае должно работать именно это правило. У Вас было две квартиры, которые соединились в одну. И этой квартире присвоен номер одной из тех, что была в собственности с 1998 г. - это не принципиально новый объект и срок должен исчисляться с 1998 года.
Но, важно другое - если изменился сам собственник, то другое дело. Для нового собственника срок потек уже с 2012 года. Уточните этот момент.

Как же площадь осталась прежней. если 2 квартиры объединены и зарегистрировано все это в БТИ.
Должен измениться поэтажный план+ надо получать новый тех. паспорт на квартиру.
Естественно, это должен быть новый объект.

Срок возникновения права собственности считается от даты выдачи свидетельства на право собственности. А не от даты покупки.
Я квартиру в Москве в новостройке купил в 2006 году. А свидетельство сделали и дали только в 2007 году. Так что собственником я считаюсь начиная с 2007 года.

с 2012 года будет считаться срок, если квартира будет стоить больше миллиона, то налог возьмут