Попал в аварию являясь пассажиром маршрутного такси, уехал по скорой в какую страховую компанию обращаться за выплатами?

Вам нужно обратиться в ГИБДД в дежурную часть, Вам подскажут инспектора, который рассматривает материал по данному ДТП.
Вас оформят как пострадавшего, проведут судебную медицинскую экспертизу для установления степени причиненного вреда здоровью.
В рамках административного материала будет установлено, кому принадлежат транспортные средства и на каком основании водители ими управляли.
Если это официальное маршрутное такси, то ответственность перевозчика должна быть застрахована по полису ОСГОП.
По полису ОСГОП Вы можете получить компенсацию за полученные травмы в соответствии с Постановлением Правительства РФ № 1164 от 15.11.2012.
Так же Вы можете получить выплату по полису ОСАГО другого участника ДТП, если таковой был, в том числе утраченный заработок.
Компенсация морального вреда возмещается непосредственно законным владельцем транспортного средства. Если водитель маршрутки являлся работником, то в силу ст. 1068 ГК РФ причиненный им вред возмещает его работодатель.
Все данные о страховых компаниях, полисах ОСГОП, ОСАГО, водителях и собственниках транспортных средств Вы можете узнать из административного материала у инспектора ГИБДД.

ОБращаться надо к владельцу транспортного средства. А тот уже переведет стрелки на страховую.

в суд по месту жительства НА перевозчика

А тебя оформили как потерпевшего?

Вам нужно доказать что вы получили травму именно в данной маршрутке. Получите хоть какой нибудь письменный документ о происшествии.
Уточните в ГАИ -есть ли у них материал по данному происшествию. Потребуйте копию решения. Что там у них есть? материал проверки или отказ в возбуждении дела. Если ГАИ не выезжало - обратитесь к этим аварийным комиссарам.
Далее уточнити - кому принадлежит маршрутка, вас перевозившая. Что это -ООО, ИП, кто хозяин.
Предъявите ему письменно претензию в досудебном порядке по выплате вам утерянного заработка, морального ущерба, вреда здоровью....
Или сразу обратитесь в суд на хозяина (директора) этой транспортной компании с данным вопросом.

обращайтесь в страховую компанию, которая застраховала ответственность этого перевозчика (такси).
Кроме того, необходимую информацию по этому ДТП можете получить ГИБДД.